Wszyscy podatnicy, którzy chcą rozliczyć ulgę B+R znają, a przyjemniej powinni znać katalog kosztów kwalifikowanych opisanych w ustawie CIT. Jednym z kosztów mogących mieć znaczący wpływ na wysokość ulgi B+R, uznaje się także dokonywane w danym roku podatkowym, zaliczane do kosztów uzyskania przychodów, odpisy amortyzacyjne od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, z wyłączeniem samochodów osobowych oraz budowli, budynków i lokali będących odrębną własnością. Zapis w ustawie jest na tyle jednoznaczny, iż  nie budzi wątpliwości co do tego jaki koszt może zostać zakwalifikowany. Jednak rodzi się pytanie jaka część odpisu amortyzacyjnego można zaliczyć do rozliczenia ulgi B+R. Pytanie to jest tym bardziej zasadne w sytuacji jeżeli środek trwały wykorzystywany jest tylko w części do działalności badawczo-rozwojowej, a w pozostałym zakresie na przykład do działalności produkcyjnej. W jaki sposób wtedy określić wysokość kosztu? Odpowiedz na to pytanie nie jest jednoznaczna. Należy wziąć pod uwagę, iż nie ma jednoznacznych wytycznych w zakresie, jaka dokumentacja, oprócz standardowo istniejącej w przedsiębiorstwie, powinna stanowić podstawę do rozliczenia kosztów kwalifikowanych. Dlatego też rozważając jaka dokumentacja może być podstawą dokonania kalkulacji należy mieć na względzie kilka podstawowych kwestii. Przede wszystkim dokumentacja powinna w jednoznaczny sposób identyfikować o jaki środek trwały jest wykorzystywany w działalności B+R. Drugim ważnym elementem jest określenie do jaki zadań merytorycznych dany sprzęt był wykorzystywany. W tym punkcie zalecane jest, aby opis był jak najbardziej precyzyjny. Ostatnim, ale najbardziej istotnym elementem jest określenie ilości czasu jaki dany środek trwały był wykorzystywany w działaniach badawczo-rozwojowych. Tak więc, w celu bezpiecznego rozliczenia tej kategorii kosztów w ramach ulgi B+R koniczne jest prowadzenie ewidencji wykorzystania środka trwałego do realizacji działań badawczo-rozwojowych. Często podatnicy zadają pytanie czy możliwe jest nie prowadzenie ewidencji, jeżeli z innej dokumentacji wynika czas zaangażowania środka trwałego w badania np. wewnętrznych procedur lub norm. Powoływanie na tego typu dokumentacje jest oczywiści wskazane i może stanowić dobrą podstawę do rozliczenia tego typu kosztów, jednak należy pamiętać że nie może budzić wątpliwości że  dokumenty te są wiernym odzwierciedleniem rzeczywistości, a nie tylko ogólnymi założeniami.

Koniecznie jednak należy zwrócić uwagę na jeszcze jeden aspekt rozliczenia środków trwałych w ramach ulgi B+R. W niektórych projektach badawczo-rozwojowych efektem głównym lub ubocznym badań jest prototyp, który może być wykorzystany w działalności przedsiębiorstwa, a stanowi środek trwały. Należy pamiętać, że w tej sytuacji odpisy amortyzacyjne nie będą stanowiły kosztów kwalifikowanych możliwych do rozliczenia w ramach ulgi B+R. Odpisy amortyzacyjne danego środka trwałego będą mogły być kosztem kwalifikowanym tylko jeżeli zostanie on wykorzystany w działalności badawczo-rozwojowej i obliczonej według opisanej wyżej proporcji.