Jednym z podstawowych dylematów jakie stoją przed przedsiębiorcą, który chce rozliczyć ulgę B+R jest pytanie – czy robić to samodzielnie, przy wykorzystaniu własnych zasobów kadrowych, czy skorzystać z usług profesjonalnych usług firm konsultingowych? Najłatwiej na nie odpowiedzieć rozważając potencjalne ryzyka jakie niesie samodzielne jej rozliczenie.

Pierwszy ryzykiem, które rodzi najpoważniejsze konsekwencje jest niewłaściwa identyfikacja projektów o charakterze badawczo-rozwojowym. Błąd w określeniu -czy dany projekt spełnia kryterium wystąpienia elementu twórczego, czy jest prowadzony w sposób systematyczny i czy generuje nową wiedze,  skutkuje dyskwalifikacją wszystkich kosztów, nawet jeżeli są to koszty kwalifikowane do rozliczenia w ramach ulgi B+R. Prawidłowa identyfikacja działalności badawczo-rozwojowej powinna być przeprowadzona przez osobę mającą największą wiedzę o projekcie, czyli w praktyce Kierownika Projektu. Jednak, aby nie pominąć istotnych z punktu widzenia kosztów działań badawczych Kierownik Projektu musi mieć wsparcie osoby odpowiadające w przedsiębiorstwie za finanse/sprawy podatkowe. Udział „podatkowca” jest o tyle istotny, że jest on zazwyczaj osobą, która ma wiedzę w zakresie definicji podatkowych stosowanych w rozliczeniu ulgi B+R. Tylko takie dualistyczne spojrzenie na prowadzoną działalność pozwoli na kompleksową identyfikację działalności badawczo-rozwojowej i zmniejszy ryzyko błędnej kwalifikacji. Osoba odpowiedzialna za sprawy podatkowe powinna również zweryfikować czy dokumentacja merytoryczna prowadzona przez przedsiębiorstwo jest właściwa do udowodnienia badawczo-rozwojowego charakteru projektu  w trakcie możliwych czynności sprawdzających lub kontroli skarbowej.

Kolejnym istotnym z punktu widzenia rozliczenia ulgi B+R ryzykiem jest błędna identyfikacja kosztów kwalifikowanych. Bardzo często zdarza się, że koszty działów zajmujących się działalnością badawczo-rozwojową w całości są zaliczane do rozliczenia w ramach ulgi B+R. Takie działanie bez wnikliwej analizy zapisów obowiązków służbowych i zakresu kompetencji merytorycznych działu może powodować, że do kosztów kwalifikowanych zaliczymy koszty, które kwalifikowane nie są np. dotyczące badania jakości.

Dodatkowo, przy kwalifikacji kosztów należy szczególnie zwrócić uwagę na odpowiednie ich udokumentowanie. Sam fakt poniesienia kosztów to za mało. Należy jeszcze w jednoznaczny sposób je przyporządkować do działalności badawczo-rozwojowej. Szczególnie należy zwrócić uwagę na dokumentowanie kosztów osobowych oraz kosztów amortyzacji, gdyż wymagają one prowadzenia ewidencji potwierdzającej zaangażowanie zasobów w działalność badawczo-rozwojową.

Wspomniane powyżej trzy obszar ryzyk są najpoważniejszymi i najczęściej występującymi w rozliczeniu ulgi B+R.  Jeżeli przedsiębiorca jest ich świadom, to w kolejnym kroku musi zastanowić się czy posiada odpowiednie zasoby, aby je zneutralizować i samodzielnie rozliczyć ulgę B+R. Praktyka rynkowa wskazuję, iż mimo że na pierwszy rzut oka firmom wydaje się, że są w stanie zrobić to samodzielnie to w praktyce na którymś z etapów konieczne jest wsparcie zewnętrzne. Dlatego też łatwiejszym rozwiązaniem wydaj się zatrudnić profesjonalną firmę doradczą, od samego początku. Należy tylko zwrócić uwagę aby firma doradcza zatrudniała specjalistów, którzy mają doświadczenie w identyfikacji projektów badawczo-rozwojowych oraz posiadają wiedzę w zakresie aspektów księgowych. Zatrudnienie samych księgowych lub tylko specjalistów od działalności badawczo-rozwojowej nie neutralizuje ryzyk i nie wnosi nic do przeprowadzonej analizy.