Co do zasady, podatnicy odprowadzają zaliczki na podatek dochodowy miesięcznie, kwartalnie lub w formie zaliczek uproszczonych – bez względu na przewidywane odliczenia na koniec roku w zeznaniu rocznym (m. In. Kosztów kwalifikowanych ulgi B+R). To prowadzi do sytuacji, w której firmy „zamrażają” środki w postaci nadpłaconych zaliczek. 

Aby tego uniknąć, możliwe jest złożenie do urzędu skarbowego wniosku o ograniczenie wysokości poboru zaliczek na podatek dochodowy, zgodnie z art. 22 § 2 Ordynacji podatkowej. 

Z wnioskiem może wystąpić podatnik PIT lub CIT, który: 

• ponosi koszty kwalifikowane do ulgi B+R, 

• korzysta lub planuje skorzystać z odliczenia tej ulgi w rozliczeniu rocznym, 

• uprawdopodobni, że zaliczki obliczane według standardowych zasad są niewspółmierne, ponieważ nie uwzględniają planowanego odliczenia. 

Wniosek składa się do naczelnika właściwego urzędu skarbowego. 

We wniosku należy: 

• wskazać podstawę prawną i cel wniosku, 

• oszacować przychody, koszty, dochód i należny podatek – zarówno według standardowej metody, jak i z uwzględnieniem ulgi, 

• dołączyć prognozy finansowe lub inne dane, które potwierdzają zasadność wniosku, 

• Przedstawić uzasadnienie – uprawdopodobniające, że kontynuowanie poboru zaliczek w pełnej wysokości jest niewspółmierne. 

W praktyce organy podatkowe mogą zażądać dodatkowych wyjaśnień, więc warto przygotować kompletną dokumentację potwierdzającą aktywność badawczo-rozwojową. 

Co do zasady, urząd powinien rozpatrzyć wniosek w terminie 30 dni licząc od dnia złożenia wniosku. W przypadku spraw szczególnie skomplikowanych termin może zostać wydłużony do 60 dni. Jeśli wniosek zostanie rozpatrzony pozytywnie, urząd wydaje decyzję o ograniczeniu wysokości pobieranych zaliczek – obowiązującą od określonego momentu. 

• Poprawa płynności finansowej – środki, które normalnie zostałyby przekazane fiskusowi w formie zaliczek, zostają w firmie i mogą być wykorzystane np. na dalsze prace B+R. 

• Uniknięcie nadpłat – pozwala uniknąć sytuacji, w której urząd skarbowy zwraca nadpłacony podatek dopiero po złożeniu zeznania rocznego. 

• Większa przewidywalność – zwłaszcza w firmach, gdzie koszty B+R mają duży udział w całkowitych kosztach działalności. 

Dla firm korzystających z ulgi B+R wniosek o ograniczenie poboru zaliczek to skuteczne narzędzie umożliwiające lepsze zarządzanie finansami w ciągu roku. Dzięki niemu przedsiębiorcy mogą wykorzystać środki, które normalnie trafiałyby do urzędu skarbowego, do dalszego rozwoju, inwestycji i innowacji. 

To rozwiązanie szczególnie polecane firmom intensywnie zaangażowanym w badania i rozwój, które generują wysokie koszty kwalifikowane i planują duże odliczenia w rozliczeniu rocznym. Warto jednak pamiętać, że skuteczność tego narzędzia zależy od rzetelnego przygotowania wniosku i odpowiedniego udokumentowania ponoszonych kosztów.