Podatnicy prowadzący działalność badawczo-rozwojową mogą skorzystać z ulgi na innowacyjnych pracowników, jeśli nie wykorzystali w pełni ulgi B+R z powodu niskiego dochodu lub poniesienia straty. Polega ona na pomniejszeniu zaliczek na PIT od wynagrodzeń innowacyjnych pracowników, które firmy jako płatnicy powinny przekazać do urzędu skarbowego. W efekcie, zamiast przekazywania zaliczek do urzędu, firmy zatrzymują je w odpowiedniej części u siebie.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (KIS) w interpretacji z 5 listopada 2024 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.565.2024.1.MBD) stwierdził, że spółka mogła skorzystać z ulgi dopiero od sierpnia 2024 r., gdyż dopiero w lipcu wykazała koszty kwalifikowane. Zdaniem organu podatkowego, prawo do ulgi przysługuje od miesiąca następującego po złożeniu zeznania CIT-8, w którym podatnik rozliczył dochody oraz wykazał przysługujące mu odliczenia, w tym ulgę B+R.

WSA w Krakowie uchylił interpretację dyrektora KIS, wskazując, że przepisy nie nakładają na podatnika obowiązku wykazania kosztów kwalifikowanych już w pierwotnym zeznaniu CIT-8. Sąd podkreślił, że prawo do skorzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników przysługuje od miesiąca następującego po miesiącu złożenia zeznania podatkowego, niezależnie od tego, czy podatnik wykazał ulgę B+R w pierwotnym zeznaniu, czy dopiero na etapie korekty.

Ponadto sąd zaznaczył, że złożenie zeznania 2 kwietnia 2024 r. oznaczało jego złożenie w terminie marcowym w rozumieniu przepisów ordynacji podatkowej, ponieważ termin przypadał pierwotnie na dzień wolny od pracy. W konsekwencji spółka mogła skorzystać z ulgi na innowacyjnych pracowników już od kwietnia 2024 r.

Wyrok WSA ma istotne znaczenie dla przedsiębiorców korzystających z ulgi B+R oraz ulgi na innowacyjnych pracowników. Potwierdza on, że prawo do ulgi powstaje od miesiąca następującego po złożeniu zeznania rocznego CIT-8, a nie od momentu wykazania kosztów kwalifikowanych. To orzeczenie może ułatwić firmom korzystanie z preferencji podatkowych, nawet jeśli nie uwzględniły kosztów kwalifikowanych w pierwotnym zeznaniu, lecz wykazały je później w korekcie.

Należy mieć na uwadze, że wyrok na ten moment nie jest prawomocny i dyrektor KID może zaskarżyć wyrok do NSA. Stąd też należy śledzić dalsze rozstrzygnięcie sprawy.