Zezwolenia i Decyzje o Wsparciu – praktyka i orzecznictwo dla łącznia zezwoleń i decyzji oraz ich chronologicznego rozliczania

Zagadnienie łącznego rozliczania zwolnień podatkowych wynikających z zezwoleń wydawanych w ramach Specjalnych Stref Ekonomicznych (SSE) oraz decyzji o wsparciu (DoW) i ich chronologicznego łączenia budzi kontrowersje. Wątpliwości interpretacyjne dotyczą głównie zasad prowadzenia ewidencji oraz możliwości kumulacji zwolnień na różnych zasadach. Interpretacje organów podatkowych oraz ostatnie dostępne orzecznictwo sądów administracyjnych wskazują na złożoność tematu oraz różnorodność stanowisk w zależności od specyfiki inwestycji i obszaru, na którym są realizowane.

Kształtowanie linii orzeczniczej Organów Podatkowych i Sądownictwa

1. Prowadzenie odrębnej ewidencji na podstawie zezwoleń SSE i DoW

W dotychczasowej praktyce Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) wielokrotnie wskazywał, że struktura zwolnienia podatkowego wynikającego z SSE różni się od tej, która obowiązuje w ramach decyzji o wsparciu DoW. W związku z tym przedsiębiorcy mają obowiązek prowadzenia odrębnych ewidencji dotyczących wyników zwolnionych na podstawie zezwoleń SSE oraz DoW.

Jednak orzecznictwo wojewódzkich sądów administracyjnych (WSA) oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA) niejednokrotnie podważało to podejście. Przykładowo, w wyroku NSA z dnia 28 maja 2024 r. (sygn. II FSK 1119/21), sąd stwierdził, że brak jest podstaw prawnych do wymogu prowadzenia odrębnej ewidencji. NSA uznał, że w przypadku inwestycji realizowanych na terenie jednej SSE podatnik ma prawo prowadzić łączne i chronologiczne rozliczanie wyników zwolnionych, niezależnie od tego, czy korzysta z zezwoleń SSE czy DoW.

2. Rozliczanie na terenie różnych SSE

Inaczej wygląda sytuacja, gdy przedsiębiorca realizuje inwestycje na terenie różnych stref ekonomicznych. W takich przypadkach zarówno organy podatkowe, jak i sądy administracyjne podchodzą bardziej restrykcyjnie. W wyroku WSA w Rzeszowie z dnia 18 stycznia 2024 r. (sygn. I SA/Rz 566/23) wskazano, że zezwolenia i decyzje o wsparciu wydane w różnych strefach nie mogą być rozliczane łącznie.

Sąd argumentował to tym, że ustawa o SSE nakłada obowiązek rozliczania pomocy publicznej w sposób związany z konkretną strefą, co wynika z celu, dla którego strefy te zostały utworzone. Podobne stanowisko zaprezentował NSA w wyroku z dnia 15 lutego 2022 r. (sygn. II FSK 1233/19).

Kumulacja Zwolnień w Ramach SSE i Pomocy de minimis

Osobną kwestią jest możliwość kumulacji wsparcia w ramach SSE oraz pomocy de minimis przyznawanej np. w formie zwolnienia z podatku od nieruchomości. Ustawodawstwo nie wprowadza bezwzględnego zakazu łączenia tych form wsparcia, o ile łączna wartość pomocy publicznej nie przekroczy maksymalnej intensywności przewidzianej dla danego regionu.

NSA w wyroku z dnia 4 lipca 2023 r. (sygn. II FSK 78/21) potwierdził, że pomoc publiczna w różnych formach może być kumulowana, pod warunkiem przestrzegania zasad dotyczących limitów intensywności wsparcia.

To oznacza, że przedsiębiorcy mogą korzystać jednocześnie ze zwolnienia podatkowego w SSE oraz ulgi od podatku od nieruchomości w ramach pomocy de minimis, o ile spełnione są wymogi formalne i regulacyjne.

Wnioski dla Przedsiębiorców – praktyka

  1. Łączne i chronologiczne rozliczanie – W przypadku inwestycji realizowanych na terenie jednej SSE przedsiębiorcy mogą prowadzić wspólną ewidencję wyników zwolnionych na podstawie zezwoleń SSE i DoW. To stanowisko znajduje potwierdzenie w orzecznictwie NSA i WSA, choć organy podatkowe mogą nadal próbować kwestionować takie podejście.
  2. Rozliczanie w różnych SSE – W przypadku inwestycji realizowanych w różnych strefach, podatnicy powinni prowadzić odrębne rozliczenia. Taki obowiązek wynika z odmiennych celów i zasad funkcjonowania każdej ze stref.
  3. Kumulacja wsparcia – Możliwość jednoczesnego korzystania ze zwolnień SSE i pomocy de minimis jest dozwolona, ale wymaga szczegółowej analizy limitów intensywności pomocy publicznej dla danego regionu.
  4. Dokumentacja i konsultacje – Przedsiębiorcy powinni dokładnie dokumentować swoje działania oraz konsultować kwestie związane z rozliczaniem pomocy publicznej z doradcami podatkowymi, aby uniknąć potencjalnych sporów z organami podatkowymi.

Podsumowanie

Łączne i chronologiczne rozliczanie wyników zwolnionych na podstawie zezwoleń SSE i DoW, choć akceptowane przez sądy administracyjne, wciąż budzi kontrowersje w praktyce.

Orzecznictwo NSA i WSA w większości przypadków stoi po stronie podatników, podważając restrykcyjne interpretacje DKIS. W przypadku inwestycji realizowanych w różnych SSE, przedsiębiorcy muszą jednak dostosować swoje podejście do wymogów strefy. Kumulacja wsparcia w ramach SSE i pomocy de minimis pozostaje korzystną, choć wymagającą precyzji w rozliczeniach opcją dla przedsiębiorców.

Inne ciekawe artykuły:

Jak ulga B+R wpływa na obowiązek zapłaty minimalnego CIT?

Jak ulga B+R wpływa na obowiązek zapłaty minimalnego CIT? Minimalny podatek CIT obciąża firmy o niskiej rentowności lub ponoszące straty, jednak ulga B+R może być kluczowym narzędziem obniżającym to zobowiązanie. Dzięki możliwości odliczenia kosztów kwalifikowanych działalności badawczo-rozwojowej, przedsiębiorstwa mogą zmniejszyć podstawę opodatkowania minimalnym podatkiem dochodowym. Co istotne, ulga B+R nie wpływa na wskaźnik rentowności, ale skutecznie obniża wysokość należnego minimalnego CIT. Ulga B+R a minimalny CIT – wsparcie dla innowacyjnych firm Minimalny CIT to dodatkowe obciążenie dla firm o niskiej rentowności lub ponoszących straty. Jednak ulga B+R może skutecznie obniżyć to zobowiązanie, zmniejszając podstawę opodatkowania, bez wpływu na wskaźnik rentowności. Dzięki temu przedsiębiorstwa inwestujące w innowacje mogą chronić swoje projekty badawczo-rozwojowe i unikać nadmiernych kosztów podatkowych. Ulga B+R to realne wsparcie dla rozwoju technologicznego i gospodarczego. Sprawdź, jak ulga B+R może wspomóc Twoją firmę
Czytaj dalej

Webinar: Kluczowe informacje o naborze Funduszu Innowacyjnego 2024

Zapraszamy na webinar, który odbędzie się 5 grudnia 2024 roku o godzinie 10:00 i poświęcony będzie nowemu naborowi Funduszu Innowacyjnego 2024. Podczas spotkania online eksperci Euro-Funding omówią kluczowe możliwości finansowania, w tym tematykę technologii baterii i wodoru odnawialnego o wartości 1200 milionów euro. Dodatkowo uczestnicy poznają najnowsze analizy sektora energetycznego w Europie oraz historię sukcesu projektu, który uzyskał dofinansowanie w poprzednim naborze. Webinar to doskonała okazja, aby dowiedzieć się, jak skutecznie aplikować o środki i wspierać zieloną transformację.
Czytaj dalej

EIC ogłasza konkurs STEP scale-up o wartości 300 mln EUR na skalowanie strategicznych innowacji technologicznych w Europie

EIC ogłasza konkurs STEP Scale-Up Call o wartości 300 mln EUR! Twoja firma rozwija przełomowe technologie w obszarach deep tech, cleantech, biotech lub technologii cyfrowych? Chcesz zdobyć finansowanie od 10 do 30 mln EUR, by skalować działalność i osiągnąć globalny wpływ? Nabór rusza 26 listopada 2024 r., a pierwsze wnioski zostaną ocenione do 25 lutego 2025 r. To szansa na wsparcie finansowe, strategiczne usługi akceleracyjne i prestiżowy certyfikat STEP Seal.
Czytaj dalej