Minimalny podatek CIT został wprowadzony, aby objąć podatników, którzy osiągają niską rentowność lub ponoszą straty. Obowiązek zapłaty tego podatku nie dotyczy jednak wszystkich przedsiębiorców – przepisy przewidują pewne wyjątki, np. dla firm rozpoczynających działalność. Dodatkowo ustawa zawiera obszerny katalog (określony w art. 24ca ust. 14 ustawy o CIT) podmiotów, do których minimalny podatek nie ma zastosowania. Wśród tych podmiotów można wskazać np. podatników: którzy rozpoczęli działalność w roku podatkowym oraz w kolejno następujących po sobie 2 latach podatkowych, następujących bezpośrednio po tym roku podatkowym.

Kalkulacja rentowności, która decyduje o obowiązku zapłaty minimalnego CIT, opiera się na dochodzie z przychodów innych niż kapitałowe. Dochód ten oblicza się jako nadwyżkę przychodów nad kosztami uzyskania przychodów, bez uwzględniania ulg podatkowych. Oznacza to, że ulga B+R, pomimo obniżenia podstawy opodatkowania CIT, nie wpływa na wysokość przychodów ani kosztów uzyskania przychodów wykazywanych w rachunku zysków i strat. Oznacza to, że ulga ta nie zmienia wyniku finansowego netto prezentowanego w sprawozdaniu finansowym. Jej efekt jest widoczny jedynie w rozliczeniach podatkowych, prowadząc do obniżenia należnego podatku dochodowego.

Dyrektor KIS w interpretacjach indywidualnych z 28 marca 2024 r. oraz z 10 maja 2022 r. potwierdził, że w przypadku zaistnienia przesłanek do obliczenia podstawy opodatkowania podatkiem minimalnym, podatnikowi będzie przysługiwało prawo do obniżenia tej podstawy o kwotę ulgi B+R dotyczącej roku bieżącego oraz o nieodliczone jeszcze kwoty ulgi B+R z sześciu wcześniejszych lat podatkowych, łącznie do kwoty nieprzekraczającej podstawy opodatkowania podatkiem minimalnym.

Dzięki przepisom zawartym w art. 24ca ust. 10 ustawy o CIT, podatnicy mogą odliczyć koszty kwalifikowane B+R także od podstawy opodatkowania minimalnym CIT. To oznacza, że firmy prowadzące działalność badawczo-rozwojową, nawet przy niskiej podstawie opodatkowania lub wskazanej stracie, mogą obniżyć podstawę opodatkowania minimalnym podatkiem dochodowym.

Kluczowe jest jednak zrozumienie, że ulga B+R:

• nie wpływa na wskaźnik rentowności dla potrzeb minimalnego podatku CIT – ten jest obliczany na podstawie dochodu przed zastosowaniem ulg,
• obniża jedynie podstawę opodatkowania, co zmniejsza wysokość minimalnego CIT.

1. Firma z dochodem, ale niską rentownością: Firma osiągnęła dochód do opodatkowania w wysokości 100.000 zł, a jej przychody wyniosły 10.000.000 zł, co oznacza rentowność poniżej progu 2%. Dzięki uldze B+R koszty kwalifikowane w wysokości 80.000 zł obniżyły podstawę opodatkowania do 20.000 zł, zmniejszając tym samym wysokość podatku.
2. Firma z poniesioną stratą: Firma poniosła stratę podatkową z powodu wysokich kosztów działalności B+R. W tej sytuacji ulga B+R nie mogła zostać zastosowana w bieżącym roku, ale koszty kwalifikowane zostaną odliczone w kolejnych latach. Dodatkowo, przy kalkulacji minimalnego CIT, koszty te mogą zostać odliczone od podstawy opodatkowania minimalnym podatkiem.